Родился в деревне Шестаки Дрибинского района Могилёвской области. Имел двух братьев Николая и Василия, сестру Надежду. В 1937 году семья переехала в деревню Казимировка Могилёвского района.
В первый день войны по радио прозвучало: «Отечество в опасности!» Шестнадцатилетний Михаил со своими земляками копают противотанковый ров, траншеи, окопы около деревни Городщины. Без отдыха, не зная усталости, под огнём вражеских самолётов, в любую погоду работали старики, женщины и подростки.
Окружённый со всех сторон, горящий, в руинах, любимый город держал оборону 23 дня. С приходом фашистов город притих, но не сдался, повсеместно шла работа, как победить врага, как нанести ему урон. Миша с друзьями собирал оружие, патроны, наладил радиоприёмник на волну Совинформбюро, переписывал информацию от руки и рассказывал односельчанам. Когда начались массовые отправки молодёжи в Германию и насильно забирали в полицаи, ушёл из деревни, вернулся спустя некоторое время.
В 1943 году оказался в партизанском отрядеІІЗ п/п Белоусова в диверсионной группе 6 бригады. Ветеран Великой Отечественной войны, партизан В. А. Иванов так вспоминал о Михаиле Сафонове: «Лихачей среди нас хватало, но выделялся Сафонов, мальчишка по-сущности, а смелости, ловкости и умений имел на несколько бывалых бойцов. За что особенно любили — так это за надёжность во всём». Партизанил он до 1 июля 1944 года. Во время одной из разведок в деревне Куты встретили действующие части Красной Армии. Впоследствии попросился в разведроту. Всякое бывало, нужно было зорко смотреть, чтобы пробраться в тыл и захватить «языка». Однажды пришлось вступить в неравный рукопашный бой с фашистами, часть разведгруппы погибла, а вторая часть, в том числе и Михаил Фролович спаслась, да к тому же он доставил и весьма ценного «языка» — раненого немецкого ефрейтора. На следующий день командир 290-й Могилёвской стрелковой дивизии генерал-майор И. Г. Гаспарян перед строем солдат вручил ему и пятерым медаль Славы III степени.
Судьба благоволила Михаилу Фроловичу. Находясь в группе поиска в районе реки Нарев, подобрался к огневой точке, захватил в плен «языка», давшего впоследствии ценные сведения о вражеской обороне, что повлияло на ход наступления Красной Армии. Послужной список разведчика обширный: 374-я отдельная разведывательная рота 36 отдельного полка, с августа 1944 года стрелок 2063-го полка, потом командир отделения разведки 139-й стрелковой дивизии (3-го формирования).
С 14 по 1 февраля 1945 года неоднократно участвовал в разведке в районе города Лидзбарк Варминьски, действовал находчиво и мужественно, уничтожив противника гранатами и огнём из автомата. Приказом № 539 по 3-й армии от 17 февраля 1945 года красноармеец Сафонов Михаил Фролов награждён орденом Славы 2- степени.
В апреле 1945 года вместе с нашими войсками дошёл до реки Эльба, где встретился с войсками 1-й армии США. Фронтовые друзья между собой называли его «Миша-волкодав».
Командир отделения той же армии 1-го Белорусского фронта красноармеец Сафонов 30 апреля 1945 года во время ликвидации группировки противника юго- восточнее Берлина ворвался в расположение неприятеля, из личного оружия истребил 13 солдат противника и вместе с другими разведчиками 9 пехотинцев захватил в плен. 19 мая 1945 года командующий 3-й армией генерал А.В. Горбатов подписал представление к награждению красноармейца М. Ф. Сафонова орденом Славы 1-й степени.
Указом президиума Верховного Совета СССР от 15 мая 1946 года за мужество, отвагу и героизм красноармеец Сафонов Михаил Фролович награждён орденом 1-й степени. Министр обороны СССР, Маршал Советского Союза, дважды Герой СССР А. А. Гречко вручал М. Ф. Сафонову именные часы.
В 1948 году полный кавалер ордена Славы старшина Сафонов Михаил Фролович демобилизован. Жил в городе Могилеве. Работал на заводе «Электродвигатель», был депутатом городского Совета депутатов, вёл активную общественную жизнь на предприятии, пользовался большим уважением среди коллектива.
Через много лет после войны писатель Константин Симонов пригласил М. Ф. Сафонова на съёмки уникального документального фильма о бессмертных подвигах советских солдат «Шёл солдат». Тогда, в одной из бесед К. Симонов сказал про него: «В рубашке родился», ни одного ранения, только лёгкая контузия.
Быть знаменитостью, живой легендой и в то же время скромным, по- человечески добрым, сочувствующим, не гордым — это про полного кавалера ордена Славы М. Ф. Сафонова. Люди 19 национальностей удостоены такой награды. Кто был на войне, знает, чего стоило тогда трижды заработать эту солдатскую награду.
Умер 17 июля 1996 года. Награждён орденами Октябрьской Революции, Отечественной войны 1-й степени, Красной Звезды, «Знак Почёта», Славы 1-й, 2- й,3-й степени, медалями. На родине М. Ф. Сафонова память о нём увековечена в Аллее Славы, в деревне Шестаки Дрибинского района установлен камень с мемориальной доской, а с 2015 года в микрорайоне Казимировка Могилёва есть улица имени Сафонова.